布鲁克公司（纳斯达克股票代码：BRKR）今天宣布与乌得勒支大学合作，以推进质谱法对蛋白质的3-D结构和相互作用的研究。乌特勒支大学（University of Utrecht University）的阿尔伯特·赫克（Albert Heck）实验室在蛋白质组学以及质谱研究蛋白质结构和相互作用方面一直处于领导地位，已有二十多年的历史。Richard Scheltema最近加入乌得勒支大学，担任小组组长，专注于交联质谱（XL-MS）的结构和相互作用蛋白质组学研究。
这项合作工作将专注于开发TIMS（陷阱离子迁移谱）和PASEF（平行累积串行碎片）方法，以及用于timsTOF Pro 4D-蛋白质组学质谱仪的交联剂和XL-MS软件，以便利用其独特的大规模，准确的CCS工作流程。这些已在基础论文“ 碰撞截面辅助前体选择（caps-PASEF）对交联质谱的好处 ”中进行了描述，该论文刚刚发表在分子和细胞蛋白质组学的突破性论文中。1个
布鲁克计划将合作结果商业化，作为使用XL-MS研究蛋白质结构和相互作用的集成解决方案。将Heck和Scheltema 开发的新颖，丰富的PhoX交联剂2与timsTOF Pro平台上PASEF方法的极高速度和灵敏度相结合，可以发现更多的交联产物，从而产生有关蛋白质结构和相互作用的更多信息。先进的分析软件至关重要，因为XL-MS数据比典型的shot弹枪蛋白质组学实验更复杂，甚至信息更丰富。Scheltema正在致力于使创新的XlinkX软件能够处理TIMS / PASEF数据，并将其提供给timsTOF Pro用户。
乌得勒支大学的Albert Heck评论说：“我们很高兴与布鲁克合作，进一步开发XL-MS工作流，这些工作流利用了PASEF的速度和独特的大规模，准确的CCS数据来增强对交叉链接的检测。 XL-MS。我们对分子和细胞蛋白质组学中发表的初步结果感到兴奋，并期待进一步推进XL-MS。我们也对timsTOF Pro上离子迁移分离和CCS在糖蛋白组学和自上而下的蛋白组学上的其他应用感兴趣。”
布鲁克蛋白质组学副总裁Gary Kruppa博士说：“ 2001年，我亲自在桑迪亚国家实验室参与XL-MS的一些概念性研究，我相信Heck团队的进步将使这项技术更加通常使用timsTOF Pro进行结构生物学研究。我们与乌得勒支大学的合作将加速XL-MS在更广泛的结构和相互作用蛋白质组学领域的采用。”
乌得勒支大学的Richard Scheltema表示：“我的小组打算通过使PASEF具备CCS意识，从而突破XL-MS工作流程的界限。我们一直在使用XlinkX软件进行生物信息学分析XL-MS数据方面进行大量工作。3,4我们很高兴与XlinkX中的timsTOF Pro的开放数据格式体系结构一起开发代码，该代码可以使用大规模，准确的CCS值来识别交叉链接，并进一步提高错误发现率（FDR）的计算。”
碰撞截面辅助前体选择（caps-PASEF）在交联质谱中的优势。Steigenberger B，van den Toorn H，Bijl E，Greisch JF，RätherO，Lubeck M，Pieters RJ，Heck AJR，Scheltema RA。，Mol Cell Proteomics，2020年7月21日：mcp.RA120.002094。doi：10.1074 / mcp.RA120.002094。在线印刷。
PhoX：一种IMAC丰富的交联试剂。Steigenberger B，Pieters RJ，Heck AJR，Scheltema RA。ACS分科学。2019年9月25日; 5（9）：1514-1522。
通过交联质谱对蛋白质组装进行全蛋白质组分析。Liu F，Rijkers DT，Post H，Heck AJ。Nat方法。2015年12月12（12）：1179-84。doi：10.1038 / nmeth.3603
Klykov，O.，Steigenberger，B.，Pektaş，S。等。适用于交联质谱的高效，强大的全蛋白质组方法。Nat Protoc 2018，2964年2月13日至2990年。https://doi.org/10.1038/s41596-018-0074-x
关于布鲁克公司（纳斯达克股票代码：BRKR）
布鲁克使科学家能够取得突破性发现，并开发可改善人类生活质量的新应用。布鲁克的高性能科学仪器以及高价值的分析和诊断解决方案使科学家能够在分子，细胞和微观水平上探索生命和材料。通过与我们的客户紧密合作，布鲁克在生命科学分子研究，应用和制药应用，显微镜和纳米分析，工业应用以及细胞生物学，临床前成像，临床应用中实现创新，提高生产率并提高客户成功率形态组学和蛋白质组学研究以及临床微生物学。
关于乌得勒支大学的Heck实验室和Scheltema实验室
阿尔伯特·赫克（Albert Heck）和理查德·斯切尔特玛（Richard Scheltema）的研究小组被嵌入乌特勒支大学（NL）的科学学院。该小组的主要重点是基于质谱的先进蛋白质组学技术的开发和应用。作为蛋白质组学工作的补充，该小组还以在基于质谱的结构生物学，天然质谱的开创性方法和交联质谱方面的专业知识而闻名。该小组负责协调欧洲蛋白质组学研究基础架构（EPIC-XS，链接epic-xs.eu），并领导荷兰X-Omics计划（www.x-omics.nl）的蛋白质组学核心。
