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递归发布关于SARS-CoV-2病毒的第一个开源形态图像数据集
2020-04-26    阅读量:30037    新闻来源:互联网     |  投稿

工业化药物发现的数字生物学公司Recursion发布了其开源RxRx19数据集,该数据集是SARS-CoV-2(COVID-19)的第一个人类细胞形态数据集。释放RxRx19的目的是为世界各地致力于在对抗COVID-19大流行方面取得进展的研究人员迅速提供人类细胞形态学数据和1600多个小分子。

该数据集是由Recursion与犹他州立大学合作进行的一项实验得出的,该实验研究了1,672家食品药品监督管理局和欧洲药品管理局批准的或临床阶段化合物对SARS效应的调节作用的治疗潜力stylechina.com。人肾皮质上皮细胞(HRCE)中的CoV-2。使用Recursion专有的深度学习神经网络对图像进行处理,以生成每个图像的高维特征,以识别不同的表型特征,这些特征也已公开共享。


通过RxRx19,科学界的研究人员将可以访问305,520个5通道荧光显微镜图像和相应的深度学习嵌入,以分析或应用于自己的实验。从体外实验和有针对性的假设驱动研究中得出的任何结果和结论都将有助于COVID-19科学数据的增长。


Recursion首席技术官Ben Mabey说:“在Recursion,我们反复看到人工智能与目标无关药物的发现如何快速发现被传统方法所掩盖的见解。” “ RxRx19的发布为机器学习社区提供了前所未有的机会,以发现那些在与全球大流行作斗争中最有价值的隐藏见解。除了即时目标之外,这个开源数据集还将帮助研究人员提高使用高内涵成像进行复合功效筛选的能力,这将产生远远超过当前危机解决方案的积极影响。”


实验从头到尾完成了四个星期,并在USU生物安全3级设施中进行,然后由目前正在远程工作的Recursion数据科学家,工程师和机器学习科学家团队进行分析。这项努力及时证明了Recursion灵活的,与目标无关的方法可以用来解决最紧迫的公共卫生问题。


克里斯·吉布森(Chris Gibson)博士说:“我为我们团队的工作感到很荣幸,他们工作了很长时间,在当前的大流行危机最严重的时候,每天要向合作者运送近60英里的设备和试剂,长达数周之久。” .D。,Recursion的联合创始人兼首席执行官。在这种情况下,短短四个星期内就可以生成300,000张5通道图像,预印前手稿以及更多内容。这既说明了Recursion出色团队的蓬勃发展,也说明了我们平台的灵活性以快速适应探索广阔的生物学领域。这仅仅是开始-还有更多的未来。”


关于递归


Recursion是一家数字生物学公司,致力于药物发现的产业化。递归通过结合自动化,人工智能,机器学习,体内验证功能和高度跨职能的团队来发现新药,从而扩大了我们对生物学的集体理解。Recursion在公司的机器人平台上内部生成的4 PB生物学图像的丰富而相关的数据库,使先进的机器学习方法能够揭示候选药物,作用机理,新化学方法和潜在毒性,最终目标是对生物学进行解码并取得进展彻底改善人们生活的新疗法。递归总部位于盐湖城。


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