在非小细胞肺癌样本中以单细胞和亚细胞分辨率定位的近 1,000 个基因的 RNA 表达
西雅图--(美国商业资讯)--领先的生命科学发现和转化研究工具供应商NanoString Technologies, Inc.（纳斯达克股票代码：NSTG）今天宣布首次公开发布由 CosMx™ 空间分子成像仪生成的数据（ SMI）。该数据代表了来自福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 组织样本的第一个高重、单细胞原位数据集，并伴随同时发表了一份描述 CosMx SMI 技术和性能的手稿。
CosMx SMI 数据集包含蛋白质形态图 (A)、960 个基因的亚细胞表达图 (B)、细胞分割 (C) 和非小细胞肺癌组织的空间分辨细胞类型图 (D)。（照片：美国商业资讯）
CosMx SMI 能够对形态完整的全组织切片中的数百或数千个 RNA 和蛋白质进行高分辨率成像。该技术结合了高分辨率成像的强大功能，使研究人员能够以单细胞和亚细胞分辨率对新鲜冷冻和 FFPE 组织样本的基因表达和蛋白质进行可视化和量化。
“在天然组织环境中表征基因表达水平和单细胞形态的能力将为疾病发病机制和治疗反应的决定因素提供新的见解，”医学和遗传学副教授 Christina Curtis 博士说，斯坦福大学医学院。“重要的是，CosMx SMI 与 FFPE 样本的兼容性使其成为从临床和生物库样本中获得洞察力的宝贵平台。”
NanoString 使用 CosMx SMI 来表征来自五名患者的八种不同非小细胞肺癌 (NSCLC) 样本的 FFPE 组织。SMI 数据通过定义 960 个基因的亚细胞表达图和 18 种已识别细胞类型的单细胞图来创建 NSCLC 组织的空间细胞图谱。
CosMx SMI 数据集是开源的空间原位成像和分子数据，可以通过 NanoString 的网站 ( www.nanostring.com/cosmx-dataset )访问并由研究社区进行分析。完整的数据集包含超过 800,000 个单细胞和约 2.6 亿个转录本，以及在约 150 mm 2区域内的非小细胞肺癌组织的空间分辨细胞类型图。
数据发布的同时，BioRxiv上还发布了一篇手稿，题为“空间分子成像在单细胞和亚细胞分辨率下对 FFPE 组织进行高复合多组学分析”。该论文描述了 CosMx SMI 的化学性质、灵敏度和重现性，并详细讨论了公开发布的 NSCLC 数据集。此外，手稿使用 81 重抗体面板来绘制 FFPE 乳腺癌样本中的蛋白质表达图，展示了 SMI 的蛋白质组学能力。
“NanoString 的任务是绘制生物学的宇宙图，”NanoString 首席科学官 Joseph Beechem 博士说。“GeoMx DSP 和 CosMx SMI 平台一起跨越了空间生物学应用的连续性，并将满足发现和转化研究人员的需求。GeoMx DSP 是在多细胞区域测量整个转录组的领先平台，而 CosMx SMI 将能力扩展到单细胞和亚细胞分辨率，用于多达一千个目标的靶向面板。”
CosMx SMI 预计将于 2022 年下半年推出。同时，研究人员可以通过 NanoString 提供的 SMI 技术访问计划服务，将 SMI 的强大功能应用于他们的组织样本。