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空气产量数据中的eDNA可用于社会隔离,疾病传播等

2021-04-09    阅读量:30918    新闻来源:互联网     |  投稿

英国研究人员成功地从空气中提取了环境DNA(eDNA),为鉴定微生物,病原体,花粉和真菌孢子开辟了更多的可能性。绘制疾病传播图;并在COVID-19大流行期间建立更准确的社会疏离准则。即使没有其他物理样品,该技术在DNA取证方面也具有令人着迷的潜力。

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该研究论文称,这项由伦敦玛丽皇后大学的研究人员提供的研究提供了“我们可以使用现成的工具和分析管道收集,提取和分析airDNA的概念证明”,采样时间短至五分钟。该论文最近发表在PeerJ上,PeerJ是一个开放式同行评审期刊,涵盖生命,生物学,医学和环境科学。


正如她所说,首席研究员伊丽莎白·克莱尔(Elizabeth L. Clare)具有“与偏远地区的蝙蝠合作的背景”。联合负责人克里斯·福克斯(Chris Faulkes)在挖洞动物方面具有专业知识。


“在我们无法轻易看到或捕获它们的时候,我们认为我们可以用它来评估洞穴或洞穴中存在的动物,”克莱尔在网上对该作品的讨论中说道。


该论文指出,传统上在环境领域,“ eDNA越来越多地用于生物监视,物种占有率研究以及濒危和入侵物种的检测,特别是在水生生态系统中。分析开发的重点是用于目标靶标的单一物种qPCR。”


Clare及其同事的工作显着扩展了这些应用程序,为以人为本的生物技术公司和公共卫生领域带来了潜在的机会。


该论文指出,在法医中,airDNA可以恢复最近活动的法医痕迹,“即使没有留下任何物理痕迹(例如血液或头发),用于非侵入性DNA收集或在法医人类学中,”


克莱尔说,在人类健康领域,它可以“从空中识别微生物,病原体,花粉和真菌孢子”,从而“帮助我们确定传染病或过敏原的传播情况”。


随着技术的发展,该技术也有可能用作预警系统,类似于洛斯阿拉莫斯国家实验室开发的生物气溶胶岗哨和信息系统(BASIS),该技术于2003年在多个大都市地区部署。


当前,它可以帮助完善社会疏离准则。


这组作者写道:“关键是确定什么浓度的活病毒颗粒足以构成感染剂量,以及可以在多大距离上递送该体积。”


可以使用类似于Clare及其同事使用的方法来量化特定目标,从而定义更准确的安全准则。


该小组在专门的动物饲养室进行了airDNA测试,该室一年以上只饲养裸naked鼠(Heterocephalus glaber)。在4m x 3m的房间中,将225只动物安置在15个殖民地中。


克莱尔说:“测试是通过“从裸鼠的人工洞穴中抽出空气,然后在容纳这些洞穴的房间里吸入空气”开始的,”克莱尔说。“然后我们从过滤器中提取了eDNA。”


使用针对哺乳动物的针对16S线粒体区域的引物扩增DNA。使用通常用于水生eDNA的脊椎动物引物(针对12S线粒体区域)扩增来自同一过滤器的另一组DNA。由于使用哺乳动物引物时扩增最大,因此仅对它们进行测序。


“我们对DNA进行了测序,并将其与参考样品进行了比较。这使我们能够识别裸露的mole鼠,以及照料它们的人类。”克莱尔说。


在排序的四个样本中,只有一个是从房间中取出的样本是清晰的。这是100%的人类。正如预期的那样,其他三个显示出竞争的DNA信号。但是,所有可以被称为的碱基都与the鼠参考DNA的碱基相同。该论文指出,来自机房的少量样本还检测到狗的DNA。


她说:“我们在洞穴中以及在室内发现了我们期望的裸mole鼠大鼠DNA,这表明该DNA正在远离来源。”她说。


出乎意料的是发现与裸mole鼠大鼠DNA样本混合的人类DNA,研究小组首先认为这是一种污染物。


“然后我们意识到它对如何使用它提出了一些有趣的问题,”克莱尔补充道。“我们正在讨论我们可以使用这项技术做什么。”  


应用这项研究的最大挑战是确定要监视的空间的最佳大小,以返回可行的结果。


她说:“潜在的是,在大空间中提取的空气DNA可能太稀而无法检测……”,可能会混入“无意义的汤”中。


在水生环境中事实并非如此,这给研究人员带来了希望。尽管如此,它最终可能在较小的空间中最有效。


该小组的最初应用可能是监视野外物种而不至于过于靠近而干扰它们,并有可能作为衡量生物多样性的工具。目前,研究人员正在努力确定空气中的DNA可以传播多远,以及用于检测动物的技术的空间有多大。


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