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创新的新方法对 100 万个单细胞进行并行排序
2021年10月21日    阅读量:1348    新闻来源:中国风格网 stylechina.com  |  投稿

创新的新方法对 100 万个单细胞进行并行排序 中网时尚,stylechina.com

单细胞测序正在帮助科学家了解细胞类型特异性基因表达、调控网络的运作以及许多其他生物学挑战,但它受到一次分析的样本数量和细胞数量的限制研究人员可以查看的每个样本,以及对昂贵仪器的需求。

Parse Biosciences旨在通过多路复用方法解决这一挑战,该方法无需专门的实验室仪器即可并行分析 96 个样本和总共 100 万个单细胞。Parse Biosciences 首席执行官兼联合创始人 Alex Rosenberg 博士说,与去年 2 月宣布的 100,000 个细胞试剂盒相比,数量增加了 10 倍“是技术和我们进行单细胞测序的方式所固有的”生物空间。

该公司周三在美国人类遗传学学会年度会议上推出了其新工具 Evercode Whole Transciptome Mega。 

“我们使用拆分池组合条形码,而不是使用单独的标识符标记每个单元格的线性调用,它允许指数缩放。我们用条形码组合标记每个。因此,可能的条形码数量成倍增加,”Rosenberg 说。

他解释说,对于 Evercode Mega(100 万个细胞试剂盒),有四轮 cDNA 条形码,然后是仅由 16 个 PCR 反应组成的第四轮。“这产生了大约 1400 万种可能的组合——96x96x96x16——这导致任何单个细胞收到相同条形码组合的可能性非常低,”他解释说。在实践中,每百万个细胞有 3.2% 的双倍率,罗森伯格说,这低于传统的单细胞测序技术。

这些试剂盒将单细胞测序的范围扩大到诸如关键意见领袖以及以前可能从未使用过它的研究生和博士后等用户。“我们想让它易于访问,这样人们就可以轻松上手,”罗森伯格说。Evercode Mini 试剂盒是一种较小规模的试剂盒,可让研究人员对多达 10,000 个细胞进行测序,以较低的成本实现了这一目标。

Parse Biosciences 的单细胞测序方法的主要特点之一是能够固定和冷冻样品并在以后运行它们。因此,在不同日期收集的样品可以储存长达六个月,并在一次实验中一起运行。“在工作流程结束时,他们可以在 Illumina 或其他基因测序仪上进行测序。Parse 还提供分析软件,”他补充道。

Rosenberg 指出,传统的单细胞测序方法不允许在以后进行测序。“单细胞液滴解决方案对固定样本并不稳定,因此研究人员获取生物样本,将其分解为单细胞,并且必须立即开始他们的测试。有时这意味着在半夜开始一个漫长的工作流程,因此我们的解决方案为采集样本、冷冻和稍后测序提供的灵活性非常有价值。”

灵敏度——定义为每个细胞可以检测到的基因或转录本的数量——很高。“灵敏度最终取决于样本类型和细胞类型中 RNA 的数量,但我们通常每个细胞可以检测到 10,000 个基因,”Rosenberg 说。这足以区分各种呼叫类型。

Rosenberg 和联合创始人 Charlie Roco 博士、CTO,在 2018 年完成博士后工作后不久就成立了 Parse Biosciences,这主要是为了响应科学家的需求。“我们在华盛顿大学开发了原始技术。一旦我们开始演讲并且我们的论文(描述技术)在那年发表在《科学》杂志上,大量的人开始与我们讨论如何在他们自己的实验室中做到这一点。 

“所以,”Rosenberg 继续说道,“我们成立了这家公司,以响应所有与我们联系的人,他们需要更好的单细胞测序解决方案。我们专注于帮助研究人员加快他们的进程。” 目前,这家年轻的公司在广泛的应用领域拥有约 150 名活跃客户,例如发育生物学、细胞图谱的开发、药物发现和细胞培养和类器官的筛选、免疫学、肿瘤学和其他研究工作。

对于未来,更多的可扩展性和扩展应用是 Rosenberg 的目标。“我们很高兴开发更适用于特定生物学领域的试剂盒,以及对细胞进行其他类型测量的方法。” 他将细节保留在公司内部,但确实指出了多组学的增长趋势——“测量细胞中的多个分子”。

他说,有一件事是肯定的。“如果你想了解生物学,你必须在单细胞水平上了解它。”


标签:今日头条技术发展医学研究
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